Die klinische (ärztliche) Atemtherapie ist nicht zu verwechseln mit der Atemtherapie als Selbsterfahrung und Selbsthilfe, die zur Förderung der körperlichen und geistigen Entspannung angewandt wird. Die „Therapie der Atmung“ dagegen wirkt sich auf Funktionsstörungen und eine allgemeine Leistungssteigerung aus.
Diese Atemtherapie verfolgt verschiedene Ziele: Die Atemmuskulatur wird gekräftigt, die Ventilation gesteigert, und es werden fehlerhafte oder hemmende Atembewegungen abgebaut. In der Vorsorge wie auch nachbehandelnd können Krankheiten von Lunge und Stimmapparat vermieden oder minimiert werden, etwa chronische Bronchitis oder Asthma. Sekret zum Beispiel, das durch Festsetzung in den Bronchien die Atemwege verengt und bei vielen Patienten Atemnot verursacht, kann durch die medizinische Atemtherapie gelöst werden.
Ein wichtiger Bestandteil der Therapie ist gezieltes Atemtraining. Verschiedene Übungen helfen dabei, die Lungenkapazität zu verbessern – unter anderem durch Techniken, die die Bauchatmung fördern.